1994(平成6)年4月神戸市教育懇話会報告書「神戸市立高等学校の将来を考える」の提言に基づき、神戸市教育委員会の新構想高校検討委員会（平成6･7年度）が、阪神淡路大震災の被災状況を踏まえ、神戸第1学区に「普通科総合選択制高校」を設置することについて検討を重ねる。

具体的には、赤塚山高校（普通科）と神戸商業高校（商業科）を統合再編し、市立高校のばいめっとスクールとして、「個性に応じたカリキュラムを選択し、意欲ある高校生活を送れる普通科総合選択制高校」の概要がまとめられていった。

1996(平成8)年7月、校地整備が開始され、1997(平成9)年1月からは校舎の建設が開始された。1997(平成9)年には教育課程も完成した。

1998(平成10)年4月、神戸市立六甲アイランド高等学校が開校する。（赤塚山高校・神戸商業高校との三校併置）